Hypothalamus, phylogenetisch alter, ventraler Bereich des Zwischenhirns der Wirbeltiere, der eine übergeordnete Funktion hat, indem er die inneren Organe sowie die endokrinen Drüsen kontrolliert und eine wichtige Schaltstelle für das Zusammenwirken von Hormonsystem und Nervensystem ist. Im H. sind Neuronen konzentriert, welche die Aktivität von präganglionären motoríschen Neuronen des Sympathikus und des Parasympathikus beeinflussen. Der H. hat Einfluss auf so grundlegende Körperfunktionen wie Wärme- und Wasserhaushalt, die Funktionen von Herz, Kreislauf und Atmungssystem, auf die Nahrungsaufnahme, die sexuelle Reifung und Aktivität sowie den Schlaf-Wach-Rhythmus. Er ist die höchste Instanz für die Aufrechterhaltung der Homöostase und gleichzeitig das Zentrum aller vegetativen Prozesse im Körper. Die anatomische Abgrenzung des H. zum dorsal angrenzenden Thalamus ist anatomisch nicht sehr deutlich. Nach ventral verjüngt er sich zu einem engen Stiel, der die Verbindung zur Hypophyse bildet (hypothalamisch-hypophysäres System ( vgl. Abb. ). Der Hypophysenstiel endet im Hypophysenhinterlappen (Neurohypophyse), der als Neurohämalorgan für die Hypothalamushormone wirkt. Der H. seinerseits steht in enger Verbindung zum limbischen System, zum Hippocampus und zum Mandelkern und ist daher auch an der Steurung gefühlsbedingten Verhaltens beteiligt.

Hypothalamus: Funktioneller Zusammenhang zwischen hypothalamisch-hypophysärem System, Hormonrezeptoren und höheren zentralnervösen Zentren: Der Hypothalamus als Regulationszentrum zahlreicher autonomer Funktionen und Allgemeinempfindungen ist ein vermittelndes Glied, das in seinem lateralen Bereich Informationen von höheren Zentren des Zentralnervensystems (z.B. dem limbischen System) erhält und diese über Releasing-Hormone aus dem medialen Bereich an die Adenohypophyse und damit an das Hormonsystem weitergibt. Die Übertrittsstelle von Releasing-Hormonen aus den Axonen in die Blutbahn (das hypothalamisch-hypophysäre Pfortadersystem) wird als Eminentia mediana bezeichnet, das Kernareal, in dem sie produziert werden, als hypophysiotrope Zone.