Im Laufe des Human-Genom-Projekts erkannten die beteiligten Wissenschaftler, dass die bloße Ansammlung von DNA-Sequenzen in Datenbanken nur ein erster Schritt auf dem Weg zum globalen Verständnis der menschlichen Biologie sein kann. Da es die Proteine sind, welche die Stoffwechselreaktionen in der Zelle ausführen, will die "Funktionelle Genomik" nun die Funktionen einer großen Anzahl von Proteinen sozusagen im Fließbandverfahren bestimmen. Den wichtigsten Schlüssel zum Erfolg bildet hier die so genannte Proteom-Analyse, die eine ganze Reihe von Techniken umfasst. Diese erlauben es zum ersten Mal, die Moleküle direkt im großen Maßstab zu erfassen und zu charakterisieren. Weltweit werden bereits hohe Summen in die Proteom-Analyse investiert.

Interessanterweise besaß Deutschland schon Mitte der neunziger Jahre eine sehr starke Stellung auf diesem Forschungsfeld, da hiesige Wissenschaftler viele der grundlegenden Techniken entwickelt haben, beispielsweise die biologische Massenspektroskopie und neue Verfahren der Gel-Elektrophorese. Wie so oft haben die zuständigen politischen Organisationen die Entwicklungen aber nicht rechtzeitig gefördert, und auch die Industrie hatte die Bedeutung noch nicht erkannt. Glücklicherweise ist die Proteom-Analyse jedoch kein lineares und begrenztes Unterfangen – anders als die Sequenzierung des Genoms –, und deshalb bleibt dieses Gebiet für viele Jahre aktuell.

Wir Forscher haben zahlreiche verschiedene Ansätze, die eine funktionelle Analyse der Proteine in menschlichen Zellen in großem Maßstab erlauben. Bei der "klassischen" Proteom-Analyse vergleichen wir mit Hilfe der zwei-dimensionalen Gel-Elektrophorese die Proteinkollektion zum Beispiel eines Gewebes im gesunden und im kranken Zustand. Raffiniertere, erfolgreichere Strategien ergänzen mittlerweile diesen Ansatz. Zum Beispiel können wir mit Anti