Wenige Strukturen des mensch- lichen Gehirns haben die Phantasie so beschäftigt wie das knapp ein Zentimeter große Pinealorgan ziemlich genau in dessen Mittelpunkt. In seiner Form ähnelt es einem Zapfen (lateinisch pinea) der Zirbelkiefer, deshalb auch der deutsche Name Zirbeldrüse. Während Aberhunderten von Jahren haben sich Mediziner wie Philosophen über die Funktion den Kopf zerbrochen. Der griechische Arzt Herophilos (um 335 bis 280 vor Christus), oft als Vater der Anatomie bezeichnet, hielt das Gebilde für eine Art Schleuse, die den Strom der Gedanken reguliere. Einer der berühmtesten Ärzte der Antike, Claudius Galenus (um 130 bis 200 nach Christus), sah darin bereits eine drüsenartige Struktur. Später, im 17. Jahrhundert, folgerte der französische Philosoph René Descartes (1596 bis 1650), als zentraler Punkt im Gehirn müsse das Pinealorgan die Verbindung sein, an der die Sinnesempfindungen zusammenlaufen und die Seele Kontrolle über den Organismus ausübt.

In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts kam dann aufgrund anatomischer Vergleiche mit anderen Wirbeltieren die Idee auf, diese Ausstülpung am Dach des Zwischenhirns könne Relikt eines sogenannten dritten Auges sein, des Pinealauges. (Bei einigen Reptilien ist eine mit dem Pinealorgan zusammenhängende Zwischenhirnausstülpung – das Parietalorgan – augenähnlicher ausgebildet, deshalb dort die Bezeichnung Parietalauge.)

Von der Medizin lange nur mehr als funktionsloses Überbleibsel angesehen, wurde das menschliche Pinealorgan erst Mitte unseres Jahrhunderts als Drüse und damit als Struktur mit Funktion quasi wiederentdeckt. Elektronenmikroskopische sowie funktionell ausgerichtete physiologische und biochemische Untersuchungen bewiesen seine außergewöhnliche Entwicklungsgeschichte: einen Formenwandel von einem relativ einfachen Lichtsinnesorgan – wie es das Pinealorgan heutiger Fische, Amphibien und Reptilien noch ist – zu einer von der Netzhaut der Augen gesteuerten Hormondrüse bei Säugern.