Leitersequenzierung, engl. peptide ladder sequencing, eine 1993 erstmalig beschriebene Kombination aus Edman-Abbau und MALDI-Massenspektrometrie. Die L. ist dadurch gekennzeichnet, dass ein Peptid durch einen modifizierten Edman-Abbau pro Reaktionszyklus nur unvollständig abgebaut wird, wobei das Peptidgemisch aus kontinuierlich um einen Aminosäurerest verkürzten Peptiden, das als Peptidleiter bezeichnet wird, einer massenspektrometrischen Analyse unterworfen wird. Eine Peptidleiter kann erzeugt werden, indem man den Edman-Abbau mit 95% Phenylisothiocyanat in Gegenwart von 5% Phenylisocyanat durchführt, wobei sich in jedem Zyklus eine bestimmte Menge eines säurestabilen Phenylcarbamoyl- (PC)-Peptids bildet (Abb.) Aus dem MALDI-Spektrum der gesamten Mischung, das die Massenpeaks der PC-Peptide enthält, lässt sich über den Massenabstand der aufeinanderfolgenden Ionensignale die Sequenz ablesen. Von Vorteil sind die relativ kurzen Abbauzeiten von nur etwa 5min pro Zyklus, da die ansonsten beim Edman-Abbau erforderliche quantitative Derivatisierung entfällt. Im Prinzip lässt sich eine Peptidleiter auch erzeugen, wenn das Edman-Reagens nur kurzzeitig mit dem zu analysierenden Peptid reagiert. Verwendet man das flüchtige Reagens, so können zusätzlich Extraktionsschritte entfallen und Sequenzierungen im Femtomol-Bereich sind möglich. Nachteilig ist, dass zwischen Leucin und Isoleucin aufgrund der Massengleichheit nicht differenziert werden kann und dass die nur geringe Massendifferenz zwischen Asparagin/Asparaginsäure bzw. Glutamin/Glutaminsäure eine ausreichende Massenrichtigkeit erfordert. Die notwendige Massenrichtigkeit wird gegenwärtig durch MALDI-TOF-Massenspektrometer nur für einen Bereich bis etwa 5kDa erreicht, so dass diese äußerst interessante Methode nur für Peptidsequenzierungen angewandt werden kann. [B.T. Chait et al., Science 262 (1993) 89; J.W. Metzger, Angew. Chem. 106 (1994) 763]

Leitersequenzierung. Ableitung einer Peptidpartialsequenz aus der aufeinander folgenden Massendifferenz mittels MALDI-MS. PC = Phenylcarbamoyl