Kompartiment, 1) Cytologie: Bez. für einen so genannten Reaktionsraum im Innern der Eucyte, der immer durch eine Plasmamembran abgegrenzt wird. Das Vorhandensein von K. ermöglicht es, dass innerhalb derselben Zelle gegenläufige Stoffwechselwege ablaufen und Energié konservierende Protonengradienten (Atmungskette, Lichtreaktionen) aufgebaut werden können. So findet z. . die Fettsäuresynthese bei Tieren im Cytoplasma statt, wohingegen der Fettsäureabbau in Mitochondrien erfolgt.

Ein K. kann aus der Gesamtheit zahlreicher gleichartiger Reaktionsräume einer Zelle bestehen. So werden alle Dictyosomen einer Zelle als Golgi-Apparat bezeichnet. Allerdings wird der Begriff nicht immer konsequent verwendet, sodass das Cytoplasma selbst auch als K. bezeichnet werden kann. Des weiteren ist der Begriff K. nicht gleich dem Begriff Organell.

2) Entwicklungsbiologie: Bez. für abgegrenzte Bereiche im Embryo, in denen sich alle Nachkommen einer kleinen Gruppe von Gründerzellen befinden und die klonale Restriktion zeigen, d.h. sie verbleiben innerhalb eines bestimmten Bereichs und vermischen sich nicht mit benachbarten Zellgruppen. K. sind oft eigenständige Entwicklungseinheiten.