Die Max-Planck-Gesellschaft fordert eine Innovationspolitik mit "langem Atem". Denn jeder Innovation gingen immer neue Erkenntnisse und neu geschaffenes Wissen voraus. Die erkenntnisorientierte, anwendungsoffene Grundlagenforschung stehe am Anfang der Wertschöpfungskette. Die Grundlagenforschung zu fördern, sei eine übergeordnete und langfristige Aufgabe des Staates, denn: "Eine Innovationsförderung, die sich ausschließlich an den Einschätzungen und Interessen der heute herrschenden Marktbedingungen orientiert, verspielt die Chancen auf bahnbrechende Innovationen der Zukunft", so der Appell der Forschungsorganisation. Richtung und Dynamik der Innovationspolitik würden aber auch im internationalen Wettbewerb vorgegeben. So habe Großbritannien beschlossen, seine Forschungsausgaben in den Jahren 1997 bis 2007 zu verdoppeln. Frankreich habe im Jahr 2005 sein öffentliches Forschungsbudget um zehn Prozent gesteigert. Die USA, Japan und weitere Staaten investierten im Vergleich zu Deutschland einen höheren Anteil ihres Bruttoinlandsprodukts für Forschung und Entwicklung.

Die Max-Planck-Gesellschaft mahnt an, dass das Innovationspotenzial von Wissenschaft und Forschung bislang zu stark durch die bestehenden rechtlichen Rahmenbedingungen eingeengt werde. Daher müsse die Frage, welche innovationshemmenden Einflüsse von einer Regelung ausgehen, bei der Beurteilung von Gesetzen und Verordnungen mehr als in der Vergangenheit mitbedacht werden. Als Beispiele werden aufgeführt: das Gesetz zur Grünen Gentechnik, das Stammzellgesetz ebenso wie die geplante Novellierung des Urheberrechts. Solche restriktiven Regelungen blockierten die Wissenschaft und verhinderten, vorhandenes Forschungspotenzial auszuschöpfen. Signifikante Änderungen werden auch für die bestehenden dienst- und tarifrechtlichen Regelungen angemahnt. Die Max-Planck-Gesellschaft fordert, Beschäftigungsverhältnisse in der Wissenschaft flexibel und leistungsgerecht zu gestalten. Gerade für jüngere Forscher könnten die Beschäftigungsmöglichkeiten verbessert werden, wenn eine Befristung auch für Verträge möglich wird, die über Drittmittel finanziert werden. Dies hätte den Vorteil, dass Beschäftigungsverhältnisse über die gesetzlich vorgeschriebenen Befristungszeiträume hinaus so lange weiter geführt werden könnten, wie eine Finanzierung gegeben ist.

Eine erfolgreiche Innovationspolitik setze außerdem ein forschungsfreundliches Klima in der Gesellschaft voraus; vorhandene Denk- und Handlungsblockaden müssten durch einen "aktiv geführten Dialog über die Freiräume und Grenzen der Forschung" überwunden werden.

Der Staat unterstütze Wissenschaft und Forschung am besten, indem er "fördert, initiiert, moderiert" und dabei die Autonomie der Wissenschaftsorganisationen weiter ausbaut. "Grundsätzlich bewährt" habe sich das von Bund und Ländern gemeinsam politisch verantwortete Wissenschaftssystem in Deutschland mit seiner institutionellen Vielfalt, seiner Aufgabenteilung wie Aufgabenverschränkung vor allem zwischen universitären und außeruniversitären Einrichtungen. Die Max-Planck-Gesellschaft appelliert, auch die Hochschulförderung erheblich auszubauen. Die Hochschulen müssten in die Lage versetzt werden, möglichst vielen qualifizierten Studierenden ein in der Breite und in der Spitze international wettbewerbsfähiges Hochschulstudium zu bieten.

Von zentraler Bedeutung für den Innovationsprozess wird die Partnerschaft zwischen Wissenschaft und Wirtschaft hervorgehoben. Mit dem "Innovationsfonds der Deutschen Forschung" hat die Max-Planck-Gesellschaft bereits ein neues Konzept entwickelt, das die Lücke im Technologietransfer zwischen Wissenschaft und Wirtschaft schließen soll.