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Lexikon der Biochemie: Dichtegradientenzentrifugation

Dichtegradientenzentrifugation, eine Methode zur Trennung von Makromolekülen aufgrund ihrer Dichte. In einer Zentrifuge bildet eine CsCl-Lösung bei sehr hoher Geschwindigkeit nach einer genügend langen Zeit (24-48h) einen stabilen Dichtegradienten aus. Die Makromoleküle kommen in einer Schicht zum Stillstand, der sog. isopyknischen Zone, die ihrer Schwebedichte (engl. buoyant density) entspricht. Dieser Parameter, ausgedrückt in g/cm3, kann nach der Zentrifugation genau gemessen werden. Die Dichten der CsCl-Lösung liegen im Bereich von 1,3-1,8g/cm3 und decken so den Bereich der meisten Biomoleküle ab. So hat z.B. DNA eine Schwebedichte von 1,7g/cm3, RNA 1,6g/cm3, Proteine 1,35-1,4g/cm3. Zellorganellen, die eine geringere Dichte besitzen, können in Saccharosedichtegradienten getrennt werden. Im Gegensatz zur CsCl-Gleichtgewichtsmethode kann die Saccharosegradientenzentrifugation als dynamische Methode eingesetzt werden. Bei ihr wird die Schwebedichte mit Hilfe der Geschwindigkeit bestimmt, mit der die Makromoleküle im Saccharosegradienten sedimentieren. In diesem Fall wird der Gradient aufgebaut, indem Saccharoselösungen mit linear oder exponenziell abnehmender Dichte vorsichtig in das Zentrifugenröhrchen geschichtet werden. Die Makromoleküle werden oben auf die Lösung aufgegeben und die Zentrifugationszeit wird so gewählt, dass die Makromoleküle nicht die Zeit haben, den ganzen Weg bis nach unten zurückzulegen. [G.B. Cline u. R.B. Ryel Methods in Enzymology 22 (1971) 38-50; T.J. Bowen An Introduction to Ultracentrifugation, Wiley (Interscience) New York, 1970]

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