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Lexikon der Biochemie: Nomenklaturkonventionen

Nomenklaturkonventionen, die von den Nomenklaturkommissionen der IUB für die Benennung biochemischer Verbindungen veröffentlichten Regeln und Regelvorschläge:

1) verschiedene Vorschriften zur eindeutigen Bezeichnung biochemischer komplexer Moleküle, etwa der Kohlenhydrate.

2) Regelungen zur Unterscheidung der Stränge eines doppelsträngigen DNA-Moleküls, sowie zur Festlegung einer Richtung innerhalb des Moleküls um die relative Position bestimmter Elemente angeben zu können. Wenn die Nucleotidsequenz einer Transcriptionseinheit oder einer Doppelstrang-DNA aufgeschrieben wird, verlangt die Konvention, dass die Sequenz des Matrizenstrangs (der Strang, von dem bei der Transcription abgelesen wird) vom 3'-Ende (Desoxyribonucleinsäure) her auf der linken Seite des Blatts notiert wird. Dadurch entspricht die normale Leserichtung (von links nach rechts) der 3' → 5'-Richtung des Matrizenstrangs. Vom antiparallelen Nichtmatrizenstrang wird das 5'-Ende auf die linke Seite geschrieben, so dass die normale Leserichtung in 5' → 3'-Richtung fortschreitet (Abb.). Die codierte Information der Transcriptionseinheit wird am besten durch den Nichtmatrizen-DNA-Strang ausgedrückt, weil die Nucleotidsequenz des RNA-Transcripts mit der des Nichtmatrizenstrangs (bis auf den U/T-Austausch) identisch ist. Deshalb heißt der Nichtmatrizenstrang der Doppelstrang-DNA-Transcriptionseinheit (d.h. derjenige, der nicht in RNA transcribiert wird) laut Konvention "codierender Strang" oder "Sinnstrang". Der Matrizenstrang (d.h. derjenige, der in RNA transcribiert wird) wird "nichtcodierender Strang", "Nichtsinnstrang" oder "Antisinnstrang" genannt (Abb.).

Die RNA-Polymerase bindet während der Transcription einer bestimmten Transcriptionseinheit an die doppelsträngige DNA an einer Position (dem Promotor), die "stromaufwärts" (upstream) zu demjenigen Nucleotid liegt, bei dem die Transcription schließlich beginnt. Die Bezeichnung "stromaufwärts" bezieht sich auf jeden Teil des "codierenden Strangs", der auf der 5'-Seite der Transcriptionsstartstelle liegt. Das Nucleotid an der Startstelle wird mit +1 gekennzeichnet und die Nucleotide stromaufwärts (d.h. auf der 5'-Seite) dazu mit -1, -2, -3, usw. Kein Nucleotid trägt die Nummer 0. In analoger Weise bezieht sich die Bezeichnung "stromabwärts" (downstream) auf jeden Teil des "codierenden Strangs" der Doppelstrang-DNA, der sich auf der 3'-Seite der Transcriptionsstartstelle befindet. Die Nucleotide stromabwärts (d.h. auf der 3'-Seite) werden mit +2, +3, +4, usw. gekennzeichnet. Diese beiden Bezeichnungen werden gelegentlich weniger streng für jedes Nucleotid der DNA oder jede Region des "codierenden Strangs" der DNA verwendet, die sich auf der 5'- bzw. 3'-Seite eines anderen Nucleotids oder einer anderen Region innerhalb des Strangs befinden. [Biochemical Nomenclature and Related Documents – A Compendium; 2. Ausgabe, 1992, S. 109-126; Eur. J. Biochem. 15 (1970) 203-208, 131 (1983) 9-15, 150 (1985) 1-5]



Nomenklaturkonventionen. Transcription und Translation eines hypothetischen Segments einer doppelsträngigen, prokaryontischen DNA. Gezeigt wird die strukturelle Beziehung untereinander und die akzeptierte Nomenklatur.

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