Bioindikatoren, i.w.S. Organismen, die der Erkennung und mengenmäßigen Erfassung von Umweltfaktoren dienen. I.e.S. wird der Begriff nur für die Indikation anthropogener Umweltfaktoren verwendet. Die B. lassen sich in Zeigerorganismen, Monitororganismen und Testorganismen unterteilen. Zeigerorganismen lassen durch ihr Vorkommen oder Fehlen Rückschlüsse auf die betreffenden Umweltbedingungen zu.

Monitororganismen werden zur Indikation von Schadstoffen eingesetzt (Biomonitoring). Dabei unterscheidet man zwischen Akkumulationsindikatoren, die Schwermetalle, Chlorkohlenwasserstoffe oder andere Stoffe im Körper lagern und teilweise auch anreichen (Bioakkumulation), und Wirkungs- oder Reaktionsindikatoren, die aufgrund ihrer Reaktion zur Indikation der Wirkungen von Schadstoffen dienen. Gute Akkumulationsindikatoren sind Vögel und Muscheln. Vögel reichernChlorkohlenwasserstoffe und andere persistente (Peristenz) Stoffe an; Muscheln akkumulieren Schwermetalle und organische Verbindungen. Zu den Wirkungsindikatoren gehören z.B. Aale, Kieselalgen (Bacillariophyceae), Daphnien und bestimmte Grünalgen (Chlorophyceae) der Gattung Scenedesmus. Pflanzliche B. zur Erfassung von Luftverunreinigungen sind v.a. Moose (insbesondere Torfmoose, Sphagnidae) und Flechten (Lichenes). Organische Luftschadstoffe wie polyzyklische aromatische Kohlenwasserstoffe, polychlorierte Biphenyle oder Dioxine werden durch die Exposition von Grünkohl (Brassicaceae) erfasst, dessen wachsreiche Blattfläche die Anreicherung dieser Stoffe begünstigt. Als Indikator für Ozon bzw. Fotooxidanzien werden meist ausgewählte Tabaksorten (Tabak) verwendet, die sehr empfindlich auf hohe Ozonkonzentrationen reagieren. Bei der standardisierten Flechtenexposition (Lichenes) zur Erfassung saurer Luftverunreinigungen werden Flechten der Species Hypogymnia physodes auf Brettern ausgebracht. Als Messgröße für die Wirkung von Luftschadstoffen wird die Absterberate innerhalb eines Jahres erfasst. Eine weitere praktische Anwendungsmöglichkeit von Monitororganismen ist die Beurteilung der Gewässergüte von Fließgewässern durch das so genannte Saprobiensystem. Die Testorganismen als dritte Gruppe der B. sind Organismen, die zur Prüfung von Stoffen in toxikologischen Tests verwendet werden.