Darmflora, die Gesamtheit der im Darm von Tieren und Menschen lebenden Mikroorganismen. Zur normalen D. gehören überwiegend Bakterien (Darmbakterien), jedoch zählt man – sprachlich unzutreffend – auch Hefen und Protozoen (Einzeller) zur D. Je nach Tierart kann die Zusammensetzung der D. sehr unterschiedlich sein.

Beim Menschen finden sich in den unteren Darmabschnitten überwiegend obligat anaerobe Bakterien (ca. 95 %). Die wichtigsten Gruppen sind Arten von Bacteroides und Bifidobacterium sowie Fusobacterium und Eubacterium. Zu den fakultativen Anaerobiern, deren Anteil an der bakteriellen Flora ca. 5 % beträgt, gehören vor allem Enterobacteriaceae (z.B. Escherichia coli) und Hefen (Candida). Die Flora des menschlichen Dünndarms besteht überwiegend aus Milchsäurebakterien, Lactobacillen (Lactobacillus) und wenigen Enterokokken (Enterococcus).

Die normale D. ist wichtig für den Aufschluss der Nahrung und die Bildung lebenswichtiger Stoffe (z.B. Vitamine). Bei einem geschwächten Immunsystem können Candida-Arten (Candida albicans) Probleme bereiten. Protozoen spielen für den Menschen keine Rolle.

Bei Pflanzen fressenden Tieren sind zur Verdauung der Pflanzenpolymere (Cellulose, Hemicellulose, Pectine) besondere Gärkammern ausgebildet, z.B. der im vorderen Teil des Verdauungstraktes gelegene Pansen der Wiederkäuer oder die mächtigen Blinddärme bei Hasen, Pferden, Nagetieren und einigen Beuteltieren (z.B. Känguru). Die Gärkammer kann sich auch im hinteren Bereich des Verdauungstraktes befinden, wie z.B. das Colon (Dickdarm) des Menschen und der meisten Tiere. In den Gärkammern der Tiere sind symbiontische Bakterien und Protozoen enthalten (Pansensymbiose). Im Darm von Termiten sorgen verschiedene Flagellatenarten der Gruppe Archaezoa für den Abbau von Cellulose. Bei Wiederkäuern und Insekten (insbesondere Termiten) sind die Protozoen und Hefen ein wichtiger Bestandteil der Darmflora.