DNaseI-Footprinting, DNA-Protektionsexperiment, Methode zur Bestimmung der Basensequenzen, an die DNA-bindende Proteine anbinden. Sie beruht darauf, dass DNA durch ein DNA-bindendes Protein vor dem Abbau durch das Enzym DNase I (Desoxyribonucleasen) geschützt wird. Werden die Reaktionsbedingungen so gewählt, dass die DNase I aus radioaktiv markierter DNA (z.B. ein Restriktionsfragment) unterschiedlich große DNA-Fragmente erzeugt, können die Fragmente in einem Sequenzierungsgel (DNA-Sequenzierung) ihrer Größe nach aufgetrennt werden. Erfolgt die DNase I-Behandlung parallel in Anwesenheit eines Gemisches aus Zellkernproteinen (Kernextrakt), wird die DNA dort, wo sich Proteine anlagern, vor der Dnase geschützt. An dieser Stelle sind später auf dem Röntgenfilm keine Banden vorhanden, das Protein hat seinen „Fußabdruck“ (engl. footprint) hinterlassen ( vgl. Abb. ). Wird zusätzlich eine DNA-Sequenzierung nach Maxam und Gilbert durchgeführt, lässt sich die DNA-Sequenz des Footprints direkt ablesen.

DNaseI-Footprinting: Nachweis der Bindung des Proteins Sp1 an einen GC-reichen Bereich eines Restriktionsfragmentes. Die DNaseI-Inkubation erfolgt in Anwesenheit (links) und Abwesenheit (rechts) des Kernextraktes. Bereiche, an die Sp1 bindet, werden vor der DNaseI geschützt und hinterlassen eine Lücke („Footprint“) im sonst durchgängigen Bandenmuster