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Kompaktlexikon der Biologie: DNaseI-Footprinting

DNaseI-Footprinting, DNA-Protektionsexperiment, Methode zur Bestimmung der Basensequenzen, an die DNA-bindende Proteine anbinden. Sie beruht darauf, dass DNA durch ein DNA-bindendes Protein vor dem Abbau durch das Enzym DNase I (Desoxyribonucleasen) geschützt wird. Werden die Reaktionsbedingungen so gewählt, dass die DNase I aus radioaktiv markierter DNA (z.B. ein Restriktionsfragment) unterschiedlich große DNA-Fragmente erzeugt, können die Fragmente in einem Sequenzierungsgel (DNA-Sequenzierung) ihrer Größe nach aufgetrennt werden. Erfolgt die DNase I-Behandlung parallel in Anwesenheit eines Gemisches aus Zellkernproteinen (Kernextrakt), wird die DNA dort, wo sich Proteine anlagern, vor der Dnase geschützt. An dieser Stelle sind später auf dem Röntgenfilm keine Banden vorhanden, das Protein hat seinen „Fußabdruck“ (engl. footprint) hinterlassen ( vgl. Abb. ). Wird zusätzlich eine DNA-Sequenzierung nach Maxam und Gilbert durchgeführt, lässt sich die DNA-Sequenz des Footprints direkt ablesen.



DNaseI-Footprinting: Nachweis der Bindung des Proteins Sp1 an einen GC-reichen Bereich eines Restriktionsfragmentes. Die DNaseI-Inkubation erfolgt in Anwesenheit (links) und Abwesenheit (rechts) des Kernextraktes. Bereiche, an die Sp1 bindet, werden vor der DNaseI geschützt und hinterlassen eine Lücke („Footprint“) im sonst durchgängigen Bandenmuster

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  • Die Autoren

Redaktion:
Dipl.-Biol. Elke Brechner (Projektleitung)
Dr. Barbara Dinkelaker
Dr. Daniel Dreesmann

Wissenschaftliche Fachberater:
Professor Dr. Helmut König, Institut für Mikrobiologie und Weinforschung, Johannes Gutenberg-Universität Mainz
Professor Dr. Siegbert Melzer, Institut für Pflanzenwissenschaften, ETH Zürich
Professor Dr. Walter Sudhaus, Institut für Zoologie, Freie Universität Berlin
Professor Dr. Wilfried Wichard, Institut für Biologie und ihre Didaktik, Universität zu Köln

Essayautoren:
Thomas Birus, Kulmbach (Der globale Mensch und seine Ernährung)
Dr. Daniel Dreesmann, Köln (Grün ist die Hoffnung - durch oder für Gentechpflanzen?)
Inke Drossé, Neubiberg (Tierquälerei in der Landwirtschaft)
Professor Manfred Dzieyk, Karlsruhe (Reproduktionsmedizin - Glück bringende Fortschritte oder unzulässige Eingriffe?)
Professor Dr. Gerhard Eisenbeis, Mainz (Lichtverschmutzung und ihre fatalen Folgen für Tiere)
Dr. Oliver Larbolette, Freiburg (Allergien auf dem Vormarsch)
Dr. Theres Lüthi, Zürich (Die Forschung an embryonalen Stammzellen)
Professor Dr. Wilfried Wichard, Köln (Bernsteinforschung)

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