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Lexikon der Biologie: band shift

band shift m, 1) Gel-Retardation, electrophoretic mobility shift assay, Abk. EMSA, Methode, um Protein-DNA-Interaktionen zu identifizieren. Ein Protein-DNA-Komplex wird bei einer Elektrophorese daran erkannt, daß er im Vergleich zum freien, unkomplexierten DNA-Fragment eine reduzierte Mobilität besitzt ( vgl. Abb. ). Bei der Verwendung terminal radioaktiv markierter DNA-Fragmente (Endmarkierung von DNA-Fragmenten) ist selbst eine analytische Erfassung geringster Mengen an gebundenem Protein mit Hilfe einer Autoradiographie möglich. – Eine weitere besondere Art von verändertem Laufverhalten von Molekülen während der Gelelektrophorese findet man bei einem Vergleich der Wanderungsgeschwindigkeit von phosphorylierten und nicht phosphorylierten Proteinen während einer SDS-Gelelektrophorese (SDS-Polyacrylamid-Gelelektrophorese). Ein verändertes Laufverhalten eines Proteins im Vergleich zu einer Kontrolle kann daher erste Hinweise auf posttranslationale Modifikationen von Proteinen geben. 2) band shift von Proteinen, protein band shift, protein electrophoretic mobility shift assay (protein EMSA), eine von der Grundlage her dem band shift von DNA-Fragmenten ähnliche Methode zur Untersuchung von Protein-Protein-Interaktionen. Zunächst werden bekannte, radioaktiv markierte Proteine mit anderen definierten Proteinen oder mit Proteinextrakten unter geeigneten Bedingungen zur Ausbildung von Protein-Protein-Interaktionen inkubiert. Die gesamten Ansätze werden dann auf einem nativen Polyacrylamid-Gel durch Gelelektrophorese aufgetrennt. Die Wanderungsgeschwindigkeit des markierten Proteins in dem Gel ist verändert, falls in dem Inkubationsansatz Proteine vorhanden sind, die mit dem zu untersuchenden Protein Wechselwirkungen eingehen. Dieses veränderte Laufverhalten ist nach Autoradiographie des Gels dadurch erkennbar, daß die dem freien markierten Protein entsprechende Bande verlagert, d. h. zu geringeren Laufstrecken hin "geshiftet", ist. binding site selection assay, Shift-Western-Technik, Supershift.




band shift

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