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Lexikon der Biologie: chromosome jumping

chromosome jumping s, "Chromosomenspringen", Methode zur Charakterisierung von großen DNA-Regionen, die zwischen genetischen Markern im Genom liegen. Dazu wird vorsichtig präparierte hochmolekulare genomische DNA mit jeweils einem selten schneidenden Restriktionsenzym partiell verdaut (Verdau). Die entstehenden Produkte werden durch Puls-Feld-Gelelektrophorese getrennt und die DNA-Fragmente isoliert. Die Fragmente werden dann in Gegenwart eines Marker-Plasmids zirkularisiert und mit jeweils einem zweiten anderen Restriktionsenzym vollständig nachgeschnitten, was dazu führt, daß die Mittelteile dieser großen Fragmente deletiert werden (Deletion), wodurch eine im Lambda-Phagen klonierbare Größe erreicht wird. Klone der Ligationsprodukte (Ligation) der beiden Enden der großen DNA-Fragmente werden selektioniert. Man erhält so 2 komplementäre Genbibliotheken ( vgl. Abb. ), die jeweils mit einem Restriktionsenzympaar vor- und nachgeschnitten wurden (z. B. EcoRI/BamHI bzw. BamHI/EcoRI; Restriktionsenzyme). Durch Hybridisierung mit einem EcoRI/BamHI-Fragment als Probe lassen sich in der jeweiligen Bibliothek positive Klone identifizieren. Dabei ist das chromosome jumping aber gerichtet, denn je nachdem, ob die Fragmente der Bibliothek durch einen EcoRI/BamHI- oder einen BamHI/EcoRI-Verdau erhalten wurden, schreitet man durch wiederholte Hybridisierungen (chromosome walking) in die eine oder andere Richtung fort. Die Methode hat neben ihrer Geschwindigkeit, mit der man große Genomregionen überbrücken kann, noch den Vorteil, daß nicht klonierbare Fragmente umgangen werden können.




chromosome jumping

1 Schematische Konstruktion von komplementären jumping-Genbibliotheken. 2 gerichtetes jumping mit zwei komplementären jumping-Genbibliotheken.
B= BamHI, R = EcoRI

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