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Lexikon der Biologie: Linker

Linker [engl., = Verbinder], 1) Bezeichnung für die sich zwischen den Nucleosomen befindende und diese daher verbindende DNA (Linker-DNA). Die Linker-DNA zwischen den Nucleosomen ist bevorzugter Angriffsort für Desoxyribonuclasen, die bei der Untersuchung der Chromatinstruktur (Chromatin) eingesetzt werden. 2) Molekülgruppen, die Stoffe z.B. während der Festphasensynthese oder im Rahmen der Affinitätschromatographie an feste Phasen koppeln. spacer. 3) Bezeichnung für kurze, selbstkomplementäre, chemisch synthetisierte Oligodesoxyribonucleotide, welche Doppelstränge mit glatten Enden (blunt ends, stumpfe Enden) bilden und Erkennungssequenzen für Restriktionsenzyme enthalten ( vgl. Abb. ). Sie können mittels T4-DNA-Ligase z.B. mit DNA-Fragmenten mit ebenfalls stumpfen Enden ligiert werden (Ligation). Nach Einwirkung eines Restriktionsenzyms auf die Ligationsprodukte entstehen DNA-Moleküle, die an ihren Enden die für das jeweilige Enzym charakteristisch überhängenden einzelsträngigen Enden (sticky ends, klebrige Enden) besitzen und zielgerichtet in einen entsprechend vorbereiteten Vektor eingebaut werden können. Diese Vorgehensweise wird meist bei der Klonierung von cDNA angewandt, da diese im allgemeinen stumpfe Enden besitzt und daher nicht sehr effektiv direkt kloniert werden kann. Im Gegensatz zu Linkern sind sog. Adaptoren einzelsträngige, nicht selbstkomplementäre Desoxyribonucleinsäuren, die jedoch wie Linker Erkennungssequenzen für ein oder mehrere Restriktionsenzyme enthalten. Durch Paarung zweier unterschiedlicher, jedoch teilweise zueinander komplementärer Adaptor-Einzelstränge können kleine Doppelstränge mit einem stumpfen und einem bereits vorhandenen klebrigen Ende entstehen. Das stumpfe Ende kann dann wiederum an stumpfe Enden von zu klonierenden Fragmenten ligiert werden, die dadurch ohne einen weiteren Nachschnitt mit nun klebrigen Enden versehen wurden. Linker-scanning-Mutagenese, Polylinker, TAB-Linker.

E.G.



Linker

1
EcoRI-Linker mit Erkennungssequenz und Schnittstelle; 2 Adaptor mit überhängendem klebrigem EcoRI-Ende

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