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Lexikon der Biologie: RNA-Mapping

RNA-Mapping s, molekularbiologische Technik zur Aufklärung der Topologie einer RNA (Ribonucleinsäuren RNA-Topologie). Dabei wird die entsprechende, radioaktiv endmarkierte RNA (Markierung) mit verschiedenen Ribonucleasen, häufig RNase T1, U2, V1 und anderen, oder Chemikalien behandelt, die unterschiedliche Spezifitäten bezüglich ihrer Angriffspunkte aufweisen. Nach der Auftrennung der Spaltprodukte mittels Gelelektrophorese können aus der Zugänglichkeit einzelner Angriffspunkte, also z.B., inwieweit erwartete Spaltprodukte überhaupt und mit welcher relativen Häufigkeit auftreten, Hinweise darüber erhalten werden, ob die entsprechenden Schnitt- oder Angriffsstellen in einzelsträngigen oder strukturierten Bereichen vorliegen. Eine Behandlung der RNA mit RNasen, deren Schnittpunkte bestimmte Struktureigenschaften aufweisen müssen, z.B. Doppelsträngigkeit (Doppelstrang) bei RNase III oder VI, kann weitere Anhaltspunkte zur Aufklärung der RNA-Struktur liefern. Schließlich werden die erhaltenen Daten in ein Computerprogramm eingegeben und so ein Modell für die RNA-Struktur erstellt, das experimentelle Daten und thermodynamische Berechnungen kombiniert.

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