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News: "Umweltgenomik": Simultane Genomsequenzierung eines Biofilms

In den weltweit sauersten Abwässern einer ehemaligen Mine in Kalifornien haben Wissenschaftler simultan das Erbgut der Biofilmbewohner entziffert. Sie konnten die Erbgutschnipsel, die sie mithilfe der Shotgun-Methode sequenzierten, anschließend fünf verschiedenen Organismengruppen zuweisen. Außerdem konnten sie für einige aufgespürte Gene die Funktionen feststellen und den entsprechenden Mikroorganismen zuordnen.

Jillian Banfield von der University of California in Berkeley und ihre Kollegen hatten einen pinkfarbenen Schlamm von der Größe einer Briefmarke untersucht. Für zwei darin lebende Organismengruppen – Stämme des Bakteriums Leptospirillum und von Ferroplasma, das zu den Archaea gehört – konnten die Wissenschaftler beinahe hundert Prozent des Erbgutes wieder zusammensetzen. Die anderen Genome waren deutlich fragmentierter, gehören aber wahrscheinlich zu einem anderen Leptospirillum-Stamm und einem weiteren Ferroplasma-Vertreter sowie einem weiteren Bakterienstamm.

Offenbar sorgt das beinahe vollständig sequenzierte Leptospirillum für den schützenden Biofilm und fixiert Kohlenstoff, während sein Verwandter daneben auch noch Stickstoff bindet. Das Eisen in den Abwässern wird wahrscheinlich von allen Biofilm-Beteiligten verwertet.

Die Mine in Richmond wurde im Jahr 1963 geschlossen und entließ aber noch jahrzehntelang höchst giftige, Schwermetall-belastete Abwässer in den oberen Sacramento River, bis vor einem Jahrzehnt Sanierungsmaßnahmen begannen.

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  • Quellen
Nature 10.1038/nature02340 (2004)

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