Endosymbiose, Bez. für Symbiosen, bei denen der eine Partner im Körper des anderen lebt. Die meisten E. sind Ernährungssymbiosen. Bei der Symbiose zwischen Leguminosen (Fabales) und Rhizobien (Rhizobium) oder zwischen verschiedenen Nicht-Leguminosen und Frankia profitieren die Bakterien von den Assimilaten der Pflanze und stellen ihnen gewissermaßen als Gegenleistung aus der Luft gebundenen Stickstoff (Stickstoff-Fixierung) zur Verfügung. Für die Nährstoffaufnahme vieler Pflanzen ist die Symbiose mit Endo- oder Ektomykorrhiza (Mykorrhiza) von entscheidender Bedeutung, vor allem für die Aufnahme von Phosphor und Ammonium. Bei der Pansensymbiose der Wiederkäuer sorgen Bakterien und Ciliaten für den Aufschluss von Cellulose. Auch viele Insekten beherbergen in ihrem Verdauungstrakt symbiontische Mikroorganismen, die ihnen die sonst unverdauliche Nahrung aufschließen. Bei den Holz fressenden Termiten wird das Holz durch Flagellaten (Flagellata, z.B. Arten der Gatt. Spirotrichonympha, Joena und Trichomonas), die in einer Gärkammer des Enddarms der Termiten leben, verdaut. ( vgl. Abb. )

Endosymbiotische Ereignisse sind nach der heute weitgehend akzeptierten Endosymbiontentheorie am Ursprung der modernen Eukaryoten (Eucarya) beteiligt. Danach stammen die Mitochondrien und Chloroplasten der Eukaryoten von Bakterien ab, die endosymbiontisch innerhalb eukaryotischer Zellen lebten. (Ektosymbiose).

Endosymbiose: Holz fressende Termiten, z.B. Calotermes flavicollis, beherbergen in einer Gärkammer des Enddarms Geißeltierchen (polymastigine Flagellaten), die Holzstückchen aus dem Termitendarm verdauen können. Die frisch geschlüpften Nymphen lecken einen aus dem After älterer Tiere austretenden Tropfen und infizieren sich dadurch mit dem lebenswichtigen Symbionten. Allerdings wurden kürzlich auch termiteneigene Gene für Cellulasen nachgewiesen