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Molekularbiologie: Das Geheimnis der Proteinfaltung

Eine künstliche Intelligenz hat eines der kniffligsten Probleme der Molekularbiologie gelöst: die Vorhersage der dreidimensionalen Architektur von Proteinen. Das hat weit reichende Implikationen für Medizin und Biowissenschaften, denn die Eiweißmoleküle sind praktisch an allen Funktionen lebender Organismen beteiligt.
Insulinmolekül

Im Sommer 2020 versetzte eine Nachricht die biowissenschaftliche Gemeinschaft – mich eingeschlossen – in Aufregung: Einer künstlichen Intelligenz (KI) namens AlphaFold2 war es gelungen, die Struktur von etlichen Eiweißmolekülen mit bis dahin unerreichter Genauigkeit vorherzusagen. Seit 1994 messen sich Forschergruppen aus aller Welt auf einem alle zwei Jahre stattfindenden Wettbewerb namens Critical Assessment of Protein Structure Prediction, kurz CASP. Alle Teilnehmer bekommen Sequenzen aus Aminosäuren vorgelegt. Anhand dieser müssen sie dann die dreidimensionale Architektur des zugehörigen Proteins prognostizieren.

Aminosäuren bilden die Grundbausteine von Proteinen; sie formen lange Ketten, die sich zu äußerst komplexen Gebilden falten. Erst die einzigartige räumliche Struktur definiert die Funktion eines solchen Moleküls. Daher ist Kenntnis darüber in vielen Bereichen der Biologie und Medizin von hohem Interesse. Allerdings stellt die Vorher­sage der Proteinfaltung lediglich anhand der Aminosäure­sequenz Fachleute seit Jahrzehnten vor große Schwierigkeiten. Es war sogar lange nicht einmal klar, ob die Information über die Abfolge der einzelnen Bestandteile überhaupt ausreicht, um die finale Gestalt eines Eiweißmoleküls exakt zu bestimmen.

Im Jahr 2018 nahm dann erstmals die KI »AlphaFold« am CASP-Wettstreit teil …

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  • Quellen

Gremer, L. et al.: Fibril structure of amyloid-ß(1-42) by cryo-­electron microscopy. Science 358, 2017

Jumper, J.: Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold. Nature 596, 2021

Lindorff-Larsen, K. et al.: How fast-folding proteins fold. ­Science 334, 2011

Röder, C. et al.: Cryo-EM structure of islet amyloid polypeptide fibrils reveals similarities with amyloid-ß fibrils. Nature Structural & Molecular Biology 27, 2020

Senior, A. W. et al.: Improved protein structure prediction using potentials from deep learning. Nature 577, 2020

Tunyasuvunakool, K. et al.: Highly accurate protein structure prediction for the human proteome. Nature 596, 2021

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